Апликативнaта дејност на Фармацевтскиот факултет се одвива во рамките на следниве апликативни центри:

• Центар за испитување и контрола на лековите– акредитирана лабораторија, овластена од Министерството за здравство да врши контрола на квалитетот на фармацевтско-хемиските супстанции, готовите лекови, хербални лекови, препаратите од увоз, посебна контрола на одредени групи лекови и други испитувања предвидени со закон.
   
• Национален фармакоинформативен центар – изработува предлог-програми за рационална потрошувачка на лековите, врши фармакоекономски анализи, ја следи потрошувачката и (зло)употребата на лековите, учествува во изготвувањето на листи на приоритетни и новорегистрирани лекови, доставува информации за лековите до здравствените работници, врши континуирана едукација на здравствените работници и населението.
   
• Центар за контрола на труења– изготвува токсиколошки оценки за лековити супстанции, отрови, пестициди и други производи.
   
• Центар за природни производи – врши испитување на квалитетот на растителните суровини, додатоците на исхрана и други природни производи, изготвува стручни мислења и други.
   
• Центар за биомолекуларни фармацевтски анализи– дава аналитички и дијагностички услуги на здравствените институции.
   
• Центар за фармацевтска нанотехнологија– дизајнира, подготвува и испитува микро/наносистеми за насочено делување на (био)терапевтиците.
   
• Центар за континуирана едукација– организира и реализира акредитирани облици на континуирана едукација и професионален развој за лица вработени или со интерес за вработување во здравствениот, административниот, академскиот и стопанскиот сектор.