Историјата и традицијата на Фармацевтскиот факултет во едукацијата во полето на фармацијата датираат од 1997 година. Реформите во едукацијата, кои во поширок обем започнаа во 1999/2000 година, овозможија факултетот да биде прв при Универзитетот којшто во учебната 2001/2002 воведе европски кредит трансфер систем.
Изминатиот период е посветен на едукативни иновации, развој и промовирање на нови методи и техники на едукација и учење и на современи студиски програми од областа на фармацијата и биомедицинските науки. Во оваа сфера реализирани се или се планираат низа студиски посети и едукативни проекти, помеѓу кои Темпус проектот ЈЕР-18016-2003 „Реконструкција на фармацевтската едукација во Република Македонија”, реализиран во соработка со Данскиот факултет за фармацевтски науки од Копенхаген и Факултетот за природни науки од Универзитетот во Стокхолм.
Реформите во едукацијата, кои во поширок обем започнаа во 1999/2000 година, овозможија факултетот да биде прв при Универзитетот којшто во учебната 2001/2002 воведе европски кредит трансфер систем.
Во наставната дејност се вклучени 30 постојано вработени наставници и соработници, како и наставен кадар од други факултети и научни институции во земјата (Медицински факултет, Природно-математички факултет, Земјоделски факултет, Економски факултет и Правен факултет “Јустинијана Прима” од Универзитетот “Св. Кирил и Методиј”, Македонска академија за науки и уметности) и од странство (Универзитет Хачетепе од Анкара, Дански факултет за фармацевтски науки од Копенхаген, Медицински факултет од Универзитетот Харвард, Бостон и Интернационален центар за генетско инженерство и биотехнологија од Трст).
Фармацевтскиот факултет е единствениот фармацевтски факултет во земјата кој спроведува студиски програми од сите три циклуси согласно со Законот за високото образование, Директивите на ЕУ за едукација во сферата на регулираните професии (Directive 2005/36/EC), декларациите на Европската асоцијација на факултети по фармација (EAFP) и препораките од Болоњската декларација:
- Дипломски студии за стекнување со звањето магистер по фармација (5+, интегрирани мастер студии, 5 години – интегриран прв и втор циклус, 300 ЕКТС-кредити)
- Додипломски студии за стекнување со звањето лабораториски биоинженер (3+ додипломски студии, 3 години – прв циклус, 180 ЕКТС-кредити)
- Магистерски студии за стекнување со звањето магистер по здравствен менаџмент и фармакоекономија (+2 последипломски студии, 2 години – втор циклус, 120 ЕКТС-кредити)
- Специјалистички студии за стекнување со звањето специјалист по здравствен менаџмент и фармакоекономија (+1 последипломски студии, 1 година – втор циклус, 60 ЕКТС-кредити)
- Специјалистички студии за стекнување со звањето специјалист од областа фармацевтска регулатива (+1 последипломски студии, 1 година – втор циклус, 60 ЕКТС-кредити
- Докторски студии од областа фармација за стекнување со звањето доктор на фармацевтски науки (+3, последипломски докторски студии, 3 години – трет циклус, 180 ЕКТС-кредити)
Фармацевтскиот факултет спроведува здравствени специјалистички студии согласно со Законот за здравствена заштита, од области:
- Клиничка фармација (3 години, втор циклус)
- Фармакоинформатика (3 години, втор циклус)
- Фармацевтска технологија (3 години, втор циклус)
- Испитување и контрола на лекови (3 години, втор циклус)
- Лековити растенија (фармакогнозија) (3 години, втор циклус)
- Санитарна хемија (3 години, втор циклус)
- Токсиколошка хемија (3 години, втор циклус)