Фармацевтскиот факултет е врвна научна институција во земјата ориентирана кон истражувања во полето на фармацевтските и биомедицинските науки. Истражувачката дејност се финансира од јавни средства и преку низа домашни и меѓународни проекти финансирани од страна на Министерствата за образование и наука на Македонија, Словенија, Бугарија, ТУБИТАК, НАТО Програмата наука за мир, ТЕМПУС програмата, СЕЕРА НЕТ програмата, ФП7 програмата и други.

Истражувачката дејност се одвива во соработка со други факултети/универзитети, здравствени институции и фармацевтски компании од земјата и преку разгранета мрежа на меѓународна проектна соработка со Универзитетот Хачетепе од Анкара, Данскиот факултет за фармацевтски науки во Копенхаген, Факултетот за природни науки од Универзитетот во Стокхолм, Медицинскиот факултет од Универзитетот Харвард во Бостон, Фармацевтскиот факултет од Белград, Фармацевтскиот факултет од Ангерс, Фармацевтскиот факултет Врије од Брисел, Фармацевсткиот факултет од Гент и Интернационалниот центар за генетско инженерство и биотехнологија во Трст.

Од постоењето на Факултетот до денес се одбранети 30 магистерски и 14 докторски тези.