1981-1982	Проф. д-р Исак Таџер – декан Проф. д-р Ефтимија Главаш – продекан
1983-1985	Проф. д-р Ефтимија Главаш – декан
1985-1994	Проф.д-р Стеван Бауер – продекан за фармацијаВо овој период факултетот беше организиран како Отсек за фармација при Медицинскиот факултет во Скопје
1994-1998	Проф. д-р Кирил Доревски – декан Проф. д-р Томислав Ристов – продекан Проф.д-р Љубица Шутуркова – продекан
1998-2004	Проф.д-р Љубица Шутуркова – декан Доц. д-р Светлана Кулеванова – продекан Доц. д-р Сузана Трајковиќ- Јолевска- продекан
2004 – 2008	Проф.д-р Светлана Кулеванова – декан Проф. д-р Анета Димитровска – продекан Проф. д-р Александар Димовски – продекан
2008 – 2013	Проф. д-р Александар Димовски – декан Доц. д-р Кристина Младеновска – продекан
2013 – 2020	Проф.д-р Светлана Кулеванова – декан Доц. д-р Зоран Стерјев – продекан
2020 –	Проф.д-р Зоран Стерјев – декан Проф. д-р Ана Поцева Пановска – продекан за настава Проф. д-р Ѓоше Стефков – продекан за наука и меѓународна соработка